Hij was heer van Noordwijk en leidde na zijn studententijd in onder meer Leuven en Parijs een prima bestaan in aan de Noordzeekust. Hij was getrouwd, had een groot gezin en leefde eigenlijk best fijn. Er was helemaal geen reden om te vertrekken. In 1572, na de inname van Den Briel, kreeg Jan van der Does echter steeds meer te maken met een fenomeen waar hij liever niet mee te maken kreeg: De landgangen van de Geuzen. Die gingen, vaak op zoek naar kostbaarheden en voedsel op willekeurige plekken aan land waarna ze de omgeving afstruinden op zoek naar kostbaarheden en plunderwaar. Noordwijk kreeg een aantal keer te maken met deze landgangen. Jan van der Does koos in de loop van 1572 voor een veiliger heenkomen en vertrok naar Leiden.
Portretgroep van Jan van der Does en zijn gezin, tussen 1590 en 1592 – Roeloff Willemsz. van Culemborg – Stedelijk Museum De Lakenhal
Ruim een jaar later, in oktober 1573, werd Leiden belegerd door de Spanjaarden. Van der Does was inmiddels bestuurlijk actief geworden in Leiden. Het eerste Beleg kwam de familie goed door, maar het tweede Beleg werd problematischer. Ondanks het feit dat de familie Van der Does van goede komaf was, kregen ook zij te maken met de tekorten, de honger en de pest. Van der Does piekerde er echter niet over om in te gaan op de Spaanse avances om de poorten te openen. Samen met zijn boezemvriend Jan van Hout was Jan van der Does een van de hardliners in de stad. Overgeven kwam niet in zijn gedachten op. Nadat de Spanjaarden eind mei 1574, deze week 450 jaar geleden, waren teruggekeerd naar Leiden om het tweede beleg te beginnen, ondernam de leider van de Leidse vrijbuiters Andries Allertsz. een verkenningstocht naar Leiderdorp om te zien of de geruchten van een wederkomst van de Spanjaarden juist vast. Dat waren ze! Allertsz. sneuvelde bij deze uitval. Jan van der Does volgde hem als leider van de vrijbuiters op.
Door de standvastigheid van Jan van der Does tijdens het Beleg is hij met recht één van de helden van het Beleg te noemen. Nadat Leiden was Ontzet kreeg van der Does een grote rol bij de stichting van de Leidse universiteit. Van der Does had tijdens zijn studietijd een enorm Europees netwerk van wetenschappers opgebouwd en daar kon hij uit putten toen Willem van Oranje hem verzocht de stichting van de universiteit Leiden te begeleiden. Hij haalde onder andere de beroemde hoogleraar Lipsius naar Leiden. Omdat Van der Does zich in wetenschappelijke kringen bevond, kennen we hem in Leiden ook met zijn Latijnse naam: Janus Dousa of Doeza. Daar komt ook de Doezastraat vandaan.
Afbeelding: Johan van der Does a.k.a Janus Dousa (1545-1604) – onbekend
