De dankdienst in de Pieterskerk verliep chaotisch
Na de intocht van de geuzen op 3 oktober 1574 werd er in Leiden feestgevierd. Vrijwel direct na de intocht op de Vliet, gingen de geuzen samen met de Leidenaren naar de Pieterskerk waar een spontane dankdienst werd begonnen. Mijn zong onder andere Psalm 9, het danklied voor een grote verlossing, waarin de in Heere God werd bedankt voor het Ontzet van de stad. Leidenaren en geuzen stonden door elkaar heen. De haring en het wittebrood die de geuzen hadden meegenomen, werd bij binnenkomst via de Vliet in eerste instantie erg chaotisch uitgedeeld. Leidenaren sprongen in het water en verdronken of aten zoveel zoute haringen dat ze er letterlijk dood bij neervielen. Vanwege de ontstane chaos werd het uitdelen van haring en wittebrood verplaatst naar de Lodewijkkerk. Daar konden de Leidenaren iets te eten krijgen.
Willem van Oranje
Een dag na het Ontzet, op 4 oktober 1574, kwam Willem van Oranje naar Leiden. Hij wilde met eigen ogen zien hoe het met de stad ging en hij wilde de stadsbestuurders spreken. Helemaal zonder gevaar was het bezoek van Willem van Oranje niet. Er waren nog Spanjaarden in de omgeving van Leiden aanwezig. In de eerste dagen na het Ontzet hielden de Leidenaren rekening met een nieuw Beleg van de stad. Dat zou het derde Beleg van Leiden geweest zijn. Dat beleg kwam er niet. De Spanjaarden vertrokken definitief in oostelijke richting. Daarmee trok de oorlog weg uit Holland. In de weken na het Ontzet verzette Willem van Oranje in Leiden de wet. Hij controleerde alle bestuurders en bekeek wat hun rol geweest was tijdens het Beleg. Veel leden van het stadsbestuur moesten op last van Willem van Oranje hun posities verlaten. Ook burgemeester Pieter van der Werf werd uit zijn burgemeestersfunctie gezet. Hem werd tijdens het hoogtepunt van het Beleg verweten dat hij met de Spanjaarden over een overgave wilde onderhandelen.
De stad kroop na het Ontzet heel langzaam uit het dal. De stad was weliswaar niet beschoten en er hebben geen veldslagen plaatsgevonden, de schade in Leiden was wel groot. Zo ook het aantal slachtoffers. Schattingen lopen uiteen maar waarschijnlijk hebben ongeveer 6000 Leidenaren het Beleg niet overleefd. Vrijwel allemaal stierven ze aan de pest, die ook na het Ontzet nog door de stad ging. Nadat de Spanjaarden definitief vertrokken waren, deden de Leidenaren iets dat ze in april 1574 nagelaten hadden: ze maakten de Spaanse schansen onklaar zodat ze bij een mogelijke terugkomst niet weer door de Spanjaarden gebruikt konden worden. De Spanjaarden waren echter definitief vertrokken. Leiden bleef een nieuw beleg bespaard.
